Ici un rayonnement laser pénétrant peut être d’une utilité essentielle. L’anatomie des racines est souvent complexe et les instruments traditionnels ont parfois beaucoup de mal à pénétrer jusqu’à l’extrémité de la racine (fig.11). 
Fig. 11
L’anatomie radiculaire est parfois complexe
Le rayonnement laser transporte son énergie dans les endroits les plus inaccessibles en permettant une décontamination de tous les micro canalicules des canaux dentaires.
Le rayonnement laser est utilisé sous eau oxygénée à 10 volumes afin de limiter l’effet thermique en décontaminant au fur et à mesure de la pénétration de la fibre optique (fig.12). 
fig. 12
La décontamination du réseau canalaire
Dans la très grande majorité des cas, la décontamination est efficace jusqu’au-delà de l’extrémité des racines et permet souvent une véritable stérilisation de tout le réseau canalaire (fig.13). 
fig. 13
La décontamination peut être efficace au-delà des racines
Certains lasers ont un effet mécanique qui permet de pousser les obturations dentaires dans les canaux inaccessibles afin de fermer de manière hermétique toutes les extrémités du réseau canalaire de la racine (fig.14). 
fig. 14
Obturation hermétique de 4 canaux latéraux